ממש כפי שהגשר של ההכשרה והאודיטינג מספק דרך מדודה היטב, צעד אחר צעד, לחופש רוחני, המורכבת מרמות הולכות וגדלות יותר, כך גם הארגונים הכנסייתיים של דת הסיינטולוגיה מאורגנים במבנה היררכי המשקף רמות אלה. ברמות הנמוכות של היררכיה זו נמצאים היועצים הרוחניים של השדה, קבוצות ומיסיונים של הכנסייה המספקים אודיטינג והכשרה ראשוניים, וברמה הגבוהה יותר נמצאים ארגוני כנסייה המספקים את הרמות המתקדמות של שירותים דתיים של אודיטינג והכשרה.
מערכת של הנהלה בינלאומית משתרעת על פני כל הכנסיות ותומכת, מתאמת ומסייעת להבטחה כי הפילוסופיות והטכנולוגיות המנטלית והרוחנית של דיאנטיקה וסיינטולוגיה שפותחו על-ידי ל. רון האברד יהיו זמינות לכל מי שחפץ לקבלן וששירותי הסיינטולוגיה מיושמים במדויק כפי שמר האברד פרסמם.
באופן כללי, כל כנסייה של סיינטולוגיה מהווה תאגיד נפרד ויש לה דירקטוריון ומנהלים משלה האחראים על הפעילויות שלה ועל רווחתה, הן מבחינה תאגידית והן מבחינה כנסייתית. יחד, כנסיות אלה יוצרות רשת בינלאומית רחבה של 5,000 כנסיות, מיסיונים וקבוצות. יותר מ-22,000 סיינטולוגים משרתים כחברי צוות בכנסיות, במיסיונים, בקבוצות כאלה ובארגונים ברחבי העולם.
